Desde su vuelta a Castilla, el Cid no descansó ni un solo día, Alfonso le había hecho regresar con un solo cometido, ayudarle a poner freno a la epidemia almorávide que amenazaba a los reinos cristianos, ahora bien, esto no era tarea fácil, pues si algo primaba en la cristiandad ibérica era la desunión y el enfrentamiento continuo de sus monarquías. Por lo tanto, si quería parar los pies a esos indeseables, el monarca castellano sabía bien que tendría que ingeniárselas él solo y sin apoyo alguno. Así que muy consciente de la realidad a la que debía de hacer frente, se puso a trabajar día sí y día también con sus principales hombres: ideando tácticas defensivas, revisando pactos y tratados con los reinos taifas que aún resistían, intentando recaudar más ingresos y aumentar el número de la tropa…
El primer encargo para el Cid no se hizo esperar, en el verano de 1087 las tropas de Al-Mundir, (aquel usurpador al que Rodrigo había puesto en remojo en más de una ocasión), se cernían sobre el reino moro de Valencia, una de esas taifas que aún permanecía leal a Castilla. Valencia era de vital importancia por dos motivos, pagaba buenas parias y significaba una primera línea defensiva en la costa levantina.
Tan pronto como pudo, partió camino de Valencia con sus hombres, apenas unos 400. Para llegar al reino amenazado debía pasar por Zaragoza, donde se encontraba su antiguo señor, éste le pidió que evitara que Al-Mundir tomara Valencia, pero que le ofrecería grandes riquezas si ponía tan majestuoso reino a sus pies. El Cid se negó rotundamente, antes de los lujos estaba la fidelidad que había jurado a su rey Alfonso, y esto mosqueó severamente al ¨moro maño¨ y en cuanto Rodrigo mandó de vuelta a Al-Mundir por dónde había venido y se veía regresando a Castilla, el rey de la taifa zaragozana y el Conde Berenguer de Barcelona firmaron un tratado para tomar Valencia. Alarmado por tal acto, pero no sorprendido (porque muy bien sabía cómo se las gastaban ambos), el Cid tornó de nuevo hacia Valencia y por el camino sacó a Al-Mundir de su agujero para poner las tropas del ya vencido bajo su mando. Llegó a la capital del reino, se dio las buenas tardes con los sitiadores a gusto de flechas y lanzas y consiguió lo impensable, levantó el cerco y se aseguró cobrar las parias del reino para sí mismo.
Victoria tras victoria Alfonso VI vio cómo poco a poco su potencial militar quedaba latente de cara a las taifas que ahora dominaban los jefes almorávides, y fue tanto su gozo que se vino arriba y cruzó la Península de oeste a este, decidió atacar la taifa murciana y conquistó Aledo. Desde allí saqueó continuamente a sus antiguos reinos protegidos: Sevilla, Murcia y Granada. Y bueno, digamos que los moros no se tomaron demasiado bien aquello de que cada dos por tres les robaran todo cuanto podían, de modo que los líderes almorávides solicitaron ayuda nuevamente a su emperador, Yusuf. El musulmán encolerizó ante la noticia y envió un enorme contingente a sitiar la ciudad cristiana de Aledo. Tan pronto como Alfonso fue conocedor del cerco fue en socorro de la urbe y ordenó a Rodrigo marchar hacia ella para apoyarlo en el ataque.
Y es aquí cuando se produce el segundo desencuentro entre el monarca y el Cid, pues éste no fue en ayuda de su rey, unos cuentan que porque Rodrigo estaba bien informado del gran número de tropas de Yusuf y veía una locura mandar a sus hombres a una muerte segura por seguir aquellas órdenes tan alocadas del rey, a quien había pedido prudencia y desistir de la ciudad. Y cómo bien esperaba Rodrigo, tal desplante le costaría nuevamente el destierro.
A partir de aquel momento el Cid actuó como un caudillo independiente, sin prestar más servicio que a él mismo y así recorrió toda la península, saqueando todos los poblados que pudo y dando ingentes dolores de cabeza a las Taifas. Y en estas se asentó sin pedir permiso alguno en Burriana, cerca de Tortosa, que pertenecía a su bien conocido Al-Mundir, este sin aprender de todas las derrotas anteriores y con ansias de revancha, volvió a aliarse con el Conde Berenguer de Barcelona para echar de allí al Cid a patadas y quitárselo de encima de una vez por todas. Y fue en Tévar donde dichos contendientes se vieron las caras, y aunque las ansias de sangre eran mayores que antaño, el Cid venció nuevamente con mucha flema y volvió a hacer preso al Conde Berenguer, de quien se cuenta que gimió más que un niño al que se le pierde la madre.
Y de tal victoria consiguió Rodrigo cobrar parias de Lérida, Tortosa, Valencia, Denia, Albarracín, Alpuente, Sagunto, Jérica, Segorbe y Almenara, convirtiéndose en el hombre más fuerte y poderoso de la España musulmana. Esto hizo que el odio procesado por el rey Alfonso fuera en aumento, pues vio cómo su autoridad en los reinos taifas era sustituida por la del Cid. A esto podíamos añadirle que se sentía impotente, pues sabía de sobra que él solo no podría hacer frente a Rodrigo, de modo que creó una gran coalición que agrupaba a los reinos cristianos peninsulares. Pero claro, Rodrigo se hallaba en Zaragoza y realmente no tenía un reino propiamente dicho, ¿qué podían hacer? Pues atacaron a los reinos taifas que le pagaban parias para así cortarle el grifo, y aunque la cosa parecía avanzar, el coste era muy grande, por lo que finalmente se abandonó tal campaña.
El Cid, no tomando a bien la puñalada trapera de su antiguo rey, decidió hacerle la puñeta, y emprendió una enfervorizada campaña de saqueo contra las ricas tierras riojanas. Cada ataque sobre contra el reino de Alfonso era más fácil y por consiguiente los botines resultaban más abundantes. Rodrigo no tenía rival en la Península, los reyes cristianos no se atrevían a amenazarlo y los reinos musulmanes estaban cada vez más resquebrajados. La Tizona y la Colada eran conocidas por todos los rincones de España, el nombre de Babieca provocaba estremecimiento… Todo el mundo respetaba al Cid.
Y aprovechando la situación decidió tomar Valencia, fue dura tarea, pues hubo de despachar a todos los refuerzos que corrían a socorrer la ciudad, que no eran pocos. Además, los sitiados se resistían a pesar del hambre y la sed que pasaron, llevando aquella hambruna hasta el extremo, cuentan crónicas de la época que se llegó a recurrir al canibalismo, un año duró el cerco, así que háganse una idea del panorama. Finalmente, tras tanto tiempo, Rodrigo penetró en la ciudad y se coronó rey, estableciendo un señorío hereditario. Y cuando más parecía que el Campeador se había ganado la paz, se cernió sobre Valencia la sombra Almorávide.
